Начало истории - 24 сентября 1993 года
Музей геологии, нефти и газа был создан 24 сентября 1993 года Распоряжением главы администрации Ханты-Мансийского автономного округа А.В. Филипенко «О создании окружного геологического музея» № 1052-р от 24.09.1993 г. Название в современном звучании музей носит с 1996 года.
Решение о сооружении специализированного здания для нового музея было принято Думой автономного округа в 1995 году. Для финансирования строительства был создан внебюджетный фонд под председательством Губернатора округа. Также был создан Попечительский совет, в который вошли руководители геологоразведочных, добывающих предприятий и ведомств, связанных с недропользованием на территории автономного округа, представители научных организаций.
19 февраля 2000 года, в дни торжеств, посвящённых добыче семимиллиардной тонны нефти на территории Югры, в Ханты-Мансийске была заложена памятная капсула с посланием к будущим поколениям на месте строительства первого в регионе государственного Музея геологии, нефти и газа.